Ủy ban được lập ra từ đầu để hoạt động như một chính quyền độc lập siêu quốc gia, tách riêng khỏi các chính phủ; nó được mô tả như "cơ quan duy nhất dành cho việc suy nghĩ tới châu Âu".[22] Các ủy viên được các chính phủ của các nước thành viên bổ nhiệm, mỗi nước một ủy viên, tuy nhiên các ủy viên này buộc phải hành động cách độc lập  – trung lập, không phụ thuộc vào các ảnh hưởng khác như ảnh hưởng của chính phủ đã bổ nhiệm mình. Điều này trái ngược với Hội đồng, đại diện cho chính phủ của mình, và Nghị viện, đại diện cho các công dân châu Âu và Ban Kinh tế Xã hội, mà hiệp ước nói là đại diện cho 'xã hội dân sự có tổ chức'.[2]

Quyền hành pháp

Quyền hành pháp của Liên minh do Hội đồng nắm giữ: hội đồng trao cho Ủy ban một số quyền để hành động. Tuy nhiên, Hội đồng có thể rút lại các quyền này, tự mình trực tiếp hành động, hoặc áp đặt các điều kiện trên việc sử dụng chúng.[23][24] Các quyền này được phác thảo ở các điều 211–219 của Hiệp ước Cộng đồng châu Âu[25] và bị hạn chế nhiều hơn quyền hành pháp quốc gia, một phần do Ủy ban thiếu quyền về các lãnh vực như Chính sách đối ngoại và an ninh chung – quyền này do Hội đồng châu Âu nắm, mà một số phân tích đã mô tả như quyền hành pháp khác.[26]

Xem xét điều này trong Hiệp ước Lisbon Hội đồng châu Âu là một cơ quan thể chế chính thức có quyền bổ nhiệm Ủy ban, có thể nói rằng 2 cơ quan nắm quyền hành pháp của Liên minh (Hội đồng châu Âu cũng nắm các quyền hành pháp quốc gia riêng). Tuy nhiên, chính Ủy ban nắm quyền hành pháp trên Cộng đồng châu Âu.[26][27] Các quyền cai quản của Ủy ban giống như điều mà cựu thủ tướng Bỉ Guy Verhofstadt đã đề nghị thay đổi tên gọi của chúng thành "Chính phủ châu Âu", gọi tên hiện nay của ủy ban là: "buồn cười".[28]

Sáng kiến lập pháp

Ủy ban khác với các cơ quan thể chế khác ở chỗ riêng mình nó có sáng kiến lập pháp trong các 'trụ cột' của Liên minh châu Âu, có nghĩa là chỉ Ủy ban mới có thể đưa ra các đề nghị chính thức về lập pháp – dự luật không thể do ngành lập pháp chính thức đưa ra. Ủy ban chia sẻ quyền này với Hội đồng về trụ cột Chính sách đối ngoại và an ninh chung, nhưng không có quyền về Việc hợp tác Tư pháp và Cảnh sát trong các vấn đề tội phạm. Tuy nhiên trong Cộng đồng, thì Hội đồng và Nghị viện có thẩm quyền đề nghị lập pháp; trong phần lớn các trường hợp, Ủy ban đề xưóng phần căn bản của các đề nghị này, độc quyền này được dành cho ủy ban để bảo đảm việc dự thảo Luật Liên minh châu Âu được phối hợp chặt chẽ và mạch lạc.[29][30] Độc quyền này đã bị một số người chống lại, họ đòi hỏi Nghị viện cũng phải có quyền này, với phần lớn Nghị viện quốc gia nắm quyền trong một số phương diện.[31] Trong Hiệp ước Lisbon, các công dân Liên minh châu Âu cũng có quyền yêu cầu Ủy ban làm luật trong một lãnh vực thông qua nột thỉnh nguyện thư có 1 triệu chữ ký, nhưng Ủy ban không bị buộc phải tuân theo.[32]

Các quyền đề nghị luật của Ủy ban thường tập trung vào việc chỉnh đốn kinh tế. Ủy ban đã đề xuất nhiều điều chỉnh dựa trên "nguyên tắc phòng ngừa". Điều này có nghĩa là việc điều chỉnh chặn trước sẽ xảy ra nếu có một nguy cơ cho môi trường hoặc sức khỏe con người: ví dụ xử lý việc biến đổi khí hậu và hạn chế sinh vật biến đổi di truyền (GMO). Điều này trái với các điều chỉnh phụ cấp thêm cho các ảnh hưởng trên tác động trên kinh tế. Như thế, Ủy ban đã đưa ra các điều chỉnh nghiêm ngặt hơn các nước khác. Do tầm cỡ (lớn) của thị trường châu Âu nên trên thực tế đã làm cho Ủy ban trở thành người điều chỉnh thị trường toàn cầu.[33]

Gần đây Ủy ban đã đi vào việc thành lập Luật tội phạm châu Âu. Năm 2006, một vụ làm đổ chất độc ngoài bờ biển Bờ Biển Ngà từ một tàu của châu Âu, đã thúc đẩy Ủy ban nhìn vào việc lập pháp chống việc thải chất độc ra môi trường. Quyền đề nghị luật tội phạm đã bị phản đối ở Tòa án Cộng đồng châu Âu, nhưng được duy trì. Năm 2007, một đề nghị luật chống tội phạm khác được xúc tiến là Chỉ thị đề nghị các biện pháp chống tội phạm nhằm bảo đảm việc bắt tôn trọng các quyền sở hữu trí tuệ,[34] và một tu chính quyết định khung chống khủng bố năm 2002, đặt ra ngoài vòng pháp luật việc xúi giục hành động liên quan tới khủng bố, việc tuyển mộ (đặc biệt thông qua internet) và việc huấn luyện (quân khủng bố).[35]

Việc buộc tuân theo

Một khi luật pháp đã được Hội đồng và Nghị viện thông qua, thì Ủy ban có trách nhiệm bảo đảm việc thi hành, thông qua các nước thành viên hoặc qua các cơ quan của Liên minh. Trong chấp nhận các biện pháp kỹ thuật cần thiết, thì Ủy ban được trợ giúp bởi các ban do các đại diện của các nước thành viên lập ra (một phương pháp mà tiếng lóng gọi là "comitology").[36] Ngoài ra, Ủy ban còn chịu trách nhiệm thi hành Ngân sách Liên minh châu Âu, cùng với Tòa Kiểm toán, bảo đảm là quỹ của Liên minh được chi tiêu chính xác.

Đặc biệt, Ủy ban có bổn phận bảo đảm các hiệp ước và luật được duy trì, bằng cách đưa các nước thành viên hoặc các cơ quan vi phạm ra trước Tòa án Cộng đồng châu Âu để xét xử. Vai trò này thường được biết đến không chính thức dưói tên "người canh gác các hiệp ước".[37] Cuối cùng, Ủy ban cũng có một số vai trò đại diện đối ngoại cho Liên minh, như đại diện trong các tổ chức như WTO chẳng hạn. Chủ tịch Ủy ban cũng thường dự các cuộc họp của G8.[37]